要设计复杂系统的架构，首先需要确定系统的整体目标和范围。采用建模工具的第一步是需求分析，通过与利益相关者交流，收集所有相关需求并将其整合为一致的系统目标。此外，对于复杂系统，需要将其功能划分为多个模块或子系统，并明确各个模块之间的相互关系和接口。
在设计系统架构时，需要选择适合的建模工具。常用的建模工具包括统一建模语言(UML)、系统建模语言(SysML)等。这些工具提供了各种符号和图表，可以利用这些符号和图表直观地表示系统的结构、行为和交互。选择合适的建模工具能够帮助设计者更好地理清系统的复杂关系，减少沟通成本。
系统架构设计过程中，需进行模块化设计。将整个系统划分为多个独立的模块，每个模块负责一个明确的功能或任务。通过模块化设计，可以实现系统的高内聚低耦合，降低系统的复杂度，便于维护和扩展。在建模工具中，可以利用包图、类图等图表来表示模块间的关系和依赖。
另外，需要进行层次化设计。将系统划分为若干层次，每个层次负责不同的功能。通过层次化设计，可以将系统分解为若干较小的部分，每个部分的职责更加明确，便于系统的管理和维护。在建模工具中，可以使用组件图、部署图等图表表示系统的层次结构。
此外，在设计系统架构时，需考虑系统的性能、可靠性、安全性等方面。利用建模工具，可以进行性能建模、可靠性建模、安全建模等分析，评估系统在不同情况下的表现，为系统架构的优化提供依据。通过建模工具的支持，设计者可以更好地掌握系统的整体情况，做出科学合理的决策。
最后，在系统架构设计完成后，需要进行验证和评估。利用建模工具，可以进行模型验证、模拟仿真等分析，验证系统的设计是否满足需求，并评估系统的性能和可靠性。通过系统的验证和评估，及时发现和解决潜在问题，确保系统能够按照设计要求正常运行。