建模工具根据应用领域和需求，有多种常见的建模方法论。一种常见的方法是系统动力学建模，该方法适用于探索系统中的动态行为和复杂互动。系统动力学建模着重于系统元素之间的因果关系和反馈循环，帮助分析系统的长期趋势和行为模式。
另一种常见的建模方法是数据建模，主要用于分析和处理大量数据。数据建模通常包括概念模型和逻辑模型，用来描述数据之间的关系和约束条件，支持数据的存储、查询和管理。
另外一种常见的建模方法是面向对象建模，该方法以对象为中心，将系统建模为一组相互作用的对象集合。面向对象建模常用于软件开发和系统设计，可以更好地组织和管理系统的复杂性。