初中生在学习编程课程时，最常遇到的困难之一是理解抽象的概念。计算机编程涉及到诸如变量、函数、循环等抽象概念，对初学者来说可能比较晦涩难懂。他们需要花费更多的时间和精力来理解这些抽象概念，从而运用到实际的编程任务中。

此外，初中生在学习编程时还会遇到语法错误的问题。编程语言是非常严谨的，一旦出现语法错误就会导致程序无法正常运行。初学者可能会因为一些简单的语法错误而感到沮丧，例如拼写错误、缺少分号等。他们需要学会如何通过调试工具来找出并纠正这些语法错误。

另一个困难是编程的逻辑思维。编程不仅仅是机械地敲入代码，更重要的是要通过程序解决问题。初中生可能会觉得难以理解如何将问题分解成小的逻辑步骤，并按照正确的顺序组合起来以达到预期的结果。这需要他们不断练习，培养逻辑思维能力。

此外，初中生学习编程还需要具备一定的耐心和毅力。编程是一个需要不断尝试、调试和改进的过程，可能会遇到各种各样的问题和挑战。面对这些困难，他们需要保持耐心，不放弃，并且持续学习和改进自己的编程技能。

最后，初中生在学习编程时也会遇到缺乏实践经验的问题。光是理解理论知识是不够的，他们需要通过实际动手编写代码来加深对知识点的理解和掌握。缺乏实践经验可能导致他们对编程的理解停留在表面，难以真正掌握编程的精髓。因此，他们需要多写代码，多实践，不断提升自己的编程能力。