动画工具公司在动画制作过程中，首先可以采取的措施是对所有员工和合作伙伴签订保密协议，明确保护知识产权的重要性。保密协议可以规定员工在从事工作期间和离职后需保守公司的商业机密，不得将公司的技术资料、客户信息等泄露给外部人员。这样可以有效地防止内部人员利用公司的知识产权进行恶意竞争或泄露机密信息。
另一方面，动画工具公司还可以通过建立严格的权限管理制度，限制员工对机密信息和关键数据的访问权限。公司可以根据员工的职责和需要，设定不同级别的权限，确保只有必要人员才能接触和使用敏感信息。这样一来，即使有员工想要窃取公司的知识产权，也会受到权限控制的限制，减少泄密的风险。
此外，动画工具公司还可以采用加密技术来保护重要的数据和文件。通过对关键信息进行加密处理，即使数据在传输或存储过程中被非法获取，也无法直接解读其中的内容。这种加密技术可以有效防止黑客的攻击和恶意窃取行为，提升知识产权的安全性。
另外，动画工具公司还可以定期对员工进行知识产权保护意识的培训，加强员工对知识产权保护的重视和理解。培训内容可以包括知识产权法律法规的介绍、公司内部保密政策的解读、各类保密措施的操作方法等内容，帮助员工树立保护知识产权的观念，提高他们的风险意识和防范意识。
此外，动画工具公司还可以在动画制作过程中采用水印技术，为公司的作品和产品添加特定的标识和信息，以确保作品的版权归属和来源可追溯。水印可以在视频、图像等媒体文件中添加，通过不可见或半透明的方式，保护作品不被盗用和恶意侵权。
另外，动画工具公司还可以与律师事务所建立密切合作关系，及时咨询和获取知识产权领域的法律建议。律师可以根据公司的具体情况，为其量身定制知识产权保护方案，协助解决知识产权纠纷和侵权事件，维护公司的合法权益。这种合作关系能够使公司及时了解最新的法律法规动态，提前预防和解决知识产权问题，有效降低知识产权风险。