3D建模工具在导入和导出文件格式方面具有一定的灵活性，可以支持多种不同的文件格式。在导入方面，常见的文件格式包括.obj、.fbx、.dae、.3ds等格式。.obj格式是一种常见的三维模型文件格式，适用于许多3D建模软件。.fbx格式是Autodesk公司开发的一种通用的三维模型交换格式，具有跨软件兼容性。.dae格式是Collada的商标，是一种用于数字交换的中间格式，支持包括材质、贴图等在内的各种属性。.3ds格式是3D Studio的标准文件格式，适用于3D Studio Max等软件。这些文件格式的支持，使得用户可以方便地将各种不同格式的文件导入到3D建模工具中进行编辑和处理。
3D建模工具在导出文件格式方面也有多种选择。常见的导出格式包括.obj、.fbx、.dae、.stl等格式。.obj格式不仅可以作为导入格式，也可以作为导出格式，便于用户在不同软件之间进行模型的交换。.fbx格式除了作为导入格式外，也常用作导出格式，具有较好的兼容性和稳定性。.dae格式也可以作为导出格式，方便用户将模型导出到其他软件或平台上进行应用。.stl格式主要用于3D打印，是一种专门的导出格式，能够保持模型的几何信息，适合进行3D打印前的准备工作。这些不同的导出格式满足了用户在多种应用场景下的需求，提高了工作效率和灵活性。
除了上述常见的导入和导出格式外，一些3D建模工具还支持更多的特殊格式。比如，一些工具支持从CAD软件中导入文件，如SolidWorks、AutoCAD等，方便用户进行工程设计与建模。一些专业的建筑类3D建模工具可能还支持导入一些特定的建筑设计格式，如IFC等，以满足建筑行业的需求。3D建模工具的导入和导出格式的丰富性和多样性，使得用户能够更加自由地进行3D建模工作，并在不同的工作场景中灵活切换和应用。